Dans Shinobi : Art Of Vengeance, le monde est pris d’assaut par la ENE Corporation. Une puissante organisation paramilitaire aux armes Hi-Tech et surnaturelles dirigée par Lord Ruse. Les seuls à pouvoir s’opposer à eux est le mystique clan Obora mené par Joe Musashi dont les Shinobi protègent l’humanité depuis des siècles. Bien conscient du danger qu’ils représentent pour ses ambitions, Ruse va lancer une attaque sur le village d’Oboro et décimer la majorité des habitants. Face à ce massacre, Musashi et ses alliés vont se lancer dans une quête de vengeance pour mettre un terme au règne de terreur de la ENE Corporation.

Restant fidèle aux origines de la saga, Shinobi : Art  Of Vengeance garde la forme d’un jeu d’action et de plateforme en 2D façon Metroidvania. Il comprend une douzaine de niveaux allant de la base militaire au désert aride avec des secrets cachée et de véritables challenges de sauts de plateformes. Pour se défendre, Joe Musashi dispose d’un arsenal composé de son katana géant Oborozuki, de shuriken et de kunai couplé aux arts du Ninjutsu et le Ninpo permettant de créer un épais brouillard. À travers les niveaux vous obtiendrez des amulettes donnant des bonus de combats. Vous remporterez aussi de l’or afin d’améliorer vos capacités et des outils Ningi qui permettront de braver les obstacles et ouvrir de nouveaux chemins.